Lấy bối cảnh trong tthế chiến thứ hai, năm 1937, câu chuyện kể về một tổ chức đào tạo điệp viên bí mật với tên gọi “văn phòng D”. Tổ chức này đuợc thành lập bởi trung tá Yuuki trực thuộc quân đội quốc gia Nhật Bản. Ý tuởng của ông là tập hợp các tân binh tốt nghiệp từ các học viện quân đội và các quân dân, để đào tạo họ thành các điệp viên chuyên nghiệp. Những điệp viên này đuợc tập hợp thành một nhóm để thực hiện các nhiệm vụ đặc biệt. Jorou Gamou a.k.a nhân vật phản diện, cũng là một điệp viên, với sứ mệnh cao cả nhưng vất vả là tự lực cánh sinh truy tìm tài liệu mật “the black note” a.k.a sổ đen.