Phim Suối Nguồn Bất Tử trải dài trong hơn 1000 năm, có 3 câu chuyện tình yêu tồn tại song song với nhau. Câu chuyện đầu tiên vào thế kỉ 16, tại đất nước Tây Ban Nha đang chìm trong biển lửa nội chiến, tướng quân Thomas tuân lệnh nữ hoàng Isabel đi tìm Cây sự sống để mang lại sự sống vĩnh hằng. Anh chiến đấu với thủ lĩnh người Maya và tìm thấy Cây sự sống có khả năng chữa lành vết thương. Nhưng Thomas đã chết do nghĩ rằng chỉ cần uống vào sẽ đạt được sự bất tử. Hàng vạn cây con đâm chồi bên trong cơ thể đã giết chết anh. Câu chuyện thứ hai vào thế kỉ XXI, bác sĩ Truởng khoa Thomas miệt mài tìm kiếm phương pháp để chữa căn bênh ung thư cho người vợ yêu quí Izzi. Đến lúc gần như thành công thì người vợ qua đời. Để lại cho anh quyển sách “The Fountain” về sự bất tử mà đoạn kết còn dang dở. Thomas sống trong tuyệt vọng cùng cực. Đến thế kỉ XXVI, nhà du hành vũ trụ Tom xuyên qua những hành tinh chết và những đám tinh vân khổng lồ, tìm kiếm câu trả lời về sự bất tử mà anh hằng đeo đuổi.